Las recientes investigaciones se han enfocado en la búsqueda de nuevas fuentes de energías renovables, así el biohidrógeno y bioetanol son fuentes de energía renovable que podrían responder a la problemática energética, ambos pueden ser producidos en conjunto a través de la fermentación oscura, utilizando como materias primas residuos industriales como el glicerol. El objetivo de este trabajo fue estudiar la producción de biohidrógeno y bioetanol en un CSTR empleando tratamientos del inóculo y utilizando glicerol puro como sustrato, además, se realizó un análisis de la variación de la estructura de la comunidad microbiana con SSCP. Considerando la producción conjunta de biohidrógeno y bioetanol el mejor sistema es un pretratamiento con 4 semanas de aireación y lodo aerobio, sin embargo, una vez que se realiza un control biocinético con un inóculo pretratado y no pretratado, para ambos lodos, se alcanza una estructura de la comunidad microbiana similar pero con rendimientos de biohidrógeno y bioetanol diferentes, entonces, la estructura de la comunidad microbiana es determinada y se ve mayor influencia por el control biocinético realizado.