À la fois approche conceptuelle et outil de formalisation des politiques scientifiques, le Système National d’Innovation existe aujourd’hui sous de multiples terminologies, à travers une variété de conceptualisations cherchant toutes à donner de réels moyens d’action aux décideurs publics sur la problématique de l’innovation et du développement. Tout comme sa conceptualisation, la mise en place d’indicateurs a suscité de nombreux débats. Néanmoins, la communauté scientifique s’accorde à penser qu’ils restent indispensables, malgré leur méthodologie largement débattue. Avant de proposer un certain nombre d’indicateurs pertinents dans les P.E.D., nous reviendrons sur les caractéristiques actuelles des S.N.I. en développement ainsi qu’à leur grande hétérogénéité. L’intérêt de cet article est de justifier à la fois la pertinence du concept S.N.I. dans les P.E.D. malgré l’existence de réseaux d’innovation multi-scalaires et d’appliquer une grille méthodologie appropriée à cet effet.Classification JEL : O55, O11, O33.