A produção de biodiesel no Brasil iniciou-se em 2005. O Programa Nacional de Produção e Uso do Biodiesel (PNPB) objetivou integrar agricultores familiares como fornecedores de matéria-prima para as indústrias de biodiesel, reduzindo assim a pobreza e promovendo o desenvolvimento rural. A integração de agricultores familiares foi revista devido a predominância da soja na cadeia de produção do biodiesel. Este estudo teve como objetivo comparar os mecanismos institucionais desenvolvidos por agricultores familiares e agentes econômicos em Mato Grosso a partir de dois diferentes estudos que ocorreram entre 2011 e 2013. O contexto teórico da Nova Economia Institucional foi necessário para identificar os mecanismos contratuais e de mercado desenvolvidos – arrendamento de maquinário, adicional de preço, fontes de financiamento e os pacotes tecnológicos – para aumentar a renda familiar e contribuir para o sucesso do PNPB em Mato Grosso. A presença destes mecanismos em diferentes regiões indica a difusão do conhecimento na rede produtiva da soja.